Nesebar Arkeoloji Müzesi şehirdeki en çok ziyaret edilen noktalar biri. Burada kentin binlerce yıllık tarihi barındırılmakta ve ziyaretçiler için modern ve çekici bir şekilde sunulmaktadır. 1956 yılında eski Nesebar’da bulunan “Aziz Vaftizci Yahya” kilisesinde arkeoloji müzesinin ilk sergisi düzenlendi. 1994 yılından beri müze şimdiki binada hizmet veriyor. Müzenin girişinde Eski Nesebar kentinin 9 Aralık 1983 tarihinde UNESCO Dünya Kültür Mirası listesine girdiğinin yazılı olduğu bir anıt bulunuyor. Müzede şehrin farklı tarihi çağlardaki gelişiminin kronolojik olarak izlendiği dört farklı salon bulunmaktadır.